1，所建网站缺乏个性且功能简单。
2，不能随意地编辑网页模板。
3，由于建站、管理和维护工作必须在服务商的网站上完成，因此用户的网站也被捆绑在该公司的服务器上，用户网站不能自由地移植，限制了用户自由选择的权利。
4，网站没有源文件,建好站后不可以随意志换服务器空间,源码不可以带走。
5，不能灵活地扩展网站功能。
6，最主要的缺点：绝大部分的自助建站都没有从营销的角度来建设，而且速度慢等问题让网站很难推广。而且自助建站系统是非常不利于网站排名。一个采用自助建站系统建设的企业网站，即使被搜索引擎收录了许多页面，但是其排名也是非常落后的，达不到对公司产品的宣传、推广效果。
